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作者：香雪生命科學(xué)研究中心--方聰明
發(fā)布時(shí)間：2018-12-17
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腫瘤免疫治療是近些年來(lái)腫瘤治療研究的熱點(diǎn)，2018年度諾貝爾生理或醫學(xué)獎授予腫瘤免疫治療領(lǐng)域的科學(xué)家，更是讓免疫治療這技術(shù)廣為人知。免疫治療的關(guān)鍵是確定合適的耙點(diǎn)，也就是抗原(Antigen)或者說(shuō)抗原蛋白的某段氨基酸序列（抗原肽）。腫瘤抗原種類(lèi)很多，其中很重要的一類(lèi)是癌癥睪丸抗原（Cancer-testis antigen, CTA），1991年在黑色素腫瘤患者的體內發(fā)現第一個(gè)CTA類(lèi)抗原：MAGE-A1，到目前為此已經(jīng)發(fā)現有超過(guò)150個(gè)CTA類(lèi)抗原。近年來(lái)針對CTA類(lèi)抗原（如MAGE-A1/A3、NY-ESO-1等）開(kāi)展很多的研究，在臨床治療上也展現出不錯的效果。有關(guān)腫瘤抗原相關(guān)的生物信息分析是研究的基礎，無(wú)論是跟蹤已知抗原最新的研究進(jìn)展，還是發(fā)現新的腫瘤抗原（Neoepitope/ Neoantigen）都要借助于這些分析數據。目前相關(guān)文獻資料報道較多的工具有：CTDatabase、NetMHCcons、IEDB、TANTIGEN等。
CTDatabase：http://www.cta.lncc.br/index.php，是關(guān)于Cancer-testis antigen 生物信息的數據庫，以CTA抗原分類(lèi)，收集有有關(guān)抗原的“Gene”、“Protein” 、“mRNA expression” 、“Protein expression” 、“Inmmune response”及“Pubmed”不同類(lèi)的信息。其中“mRNA expression” 及“Protein expression”收集了CTA抗原在不同的正常組織（Normal tissues）、腫瘤組織（Neoplasias）、細胞系（Cell Lines）中的RT-PCR、Northern blot、IHC、FACS、Western blot 及 Immunofluorescence等方面的信息。“Inmmune response” 收集了不同免疫條件下（Humoral immune、Cellular immune、Induced immune）的研究信息。不過(guò)“Pubmed”類(lèi)相關(guān)文獻信息只更新到2009年。
NetMHCcons: http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCcons/ ，NetMHCcons是CBS（The Center for Biological Sequence Analysis）數據庫用于MHC class I類(lèi)Peptide–MHC親和力的預測工具。它基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò )方法(Artificial Neural Network, ANN)、矩陣和MHC受體分子相似方法，結合了NetMHC, NetMHCpan 和PickPocket 三個(gè)工具分析結果。通過(guò)提交8~15個(gè)氨酸酸序列，選擇MHC等位基因類(lèi)型，可預測Peptide–MHC結合親和力。
IEDB：http://www.iedb.org/home_v3.php ，IEDB是美國國家過(guò)敏與傳染病研究所（The National Institute of Allergy and Infectious Diseases）提供的一個(gè)數據庫。可以檢索人類(lèi)（Human）,非人類(lèi)的靈長(cháng)類(lèi)動(dòng)物 (Non-human primates)及其他物種的有關(guān)抗體（B-cell）和T-cell抗原表位（epitopes）研究的實(shí)驗數據。這些研究包括傳染性疾病、過(guò)敏、自身免疫和移植，同時(shí)也能在線(xiàn)進(jìn)行 B細胞和T細胞抗原表位的預測和分析。數據庫更新快，可以檢索到最近1~2年的研究資料，到目前為止有530000多條抗原肽表位信息，同時(shí)涉及T-cell分析相關(guān)信息有340000多條。
TANTIGEN: http://cvc.dfci.harvard.edu/tadb/ TANTIGEN（Tumor T-cell Antigen Database）是一個(gè)專(zhuān)注于人腫瘤T-cell抗原及HLA配體(Ligands)分析的數據庫。基于最新的文獻資料及SYFPEITHI、IDEB數據庫等，重新進(jìn)行數據的注釋和分類(lèi)，同時(shí)關(guān)聯(lián)了BLAST，MAFFT，MetMHCpan 2.8a、MHCIIpan 3.0等工具。目前收集有關(guān)于368種蛋白質(zhì)的1000條短肽信息，同時(shí)也提供與T-cell抗原和HLA配體的文獻引用信息，基因表達譜（如EST）, 抗原亞型和突變，并能預測抗原肽與15種不同HLA I 及 HLA II 類(lèi)等位基因之間的親和力。
參考文獻：
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